有些人已經很努力潔牙了，只要一點點鬆懈，就又開始蛀牙。
蛀牙的原因很多，可能跟牙齒結構有關。幼兒牙齒剛萌發時雖然大小已經固定了，但其實琺瑯質與牙根還沒成熟，琺瑯質會持續吸收口腔內的鈣離子，在牙齒表面形成結晶，例如吸收牛奶內的鈣，如果這時牙齒有塗氟，也會吸收氟離子，這些物質逐漸在口腔內被牙齒吸收，牙齒會比較堅硬，較不易蛀牙。
兒童牙科醫師建議，小孩在3歲之前最好接受牙齒塗氟；等恆牙第一顆大臼齒（6歲牙）長出來時，請醫師用窩溝封填劑將有凹洞的牙齒咬合面封填起來，因為這些窩溝牙刷清潔不到，最容易蛀牙。有些人的琺瑯質天生就鈣化得很好，可能在母體胚胎孕育牙胚時，營養攝取很充分，天生較不會蛀牙。
另外也跟唾液成分有關。唾液能對牙齒產生自清作用，所謂滾石不生苔，如果口水分泌量足夠，不停在口腔內流動，牙菌斑較不容易黏附在牙齒表面，如果天生唾液分泌少，就容易蛀牙了。
這也是為什麼頭頸部癌症病人接受放射線治療，唾液腺因而受到傷害，口水分泌減少後，會產生猛爆性齲齒的原因。
如果每天認真刷牙、使用牙線仍然蛀牙，也可能是沒有把原先蛀牙處清理乾淨，引發蛀牙的細菌還躲在牙齒內，細菌仍會繼續往下鑽，時間久了，連牙根也會蛀牙。
