為了減緩濕地陸域化，讓關渡濕地真正扣合原始的水鳥保育目標，並解決紅樹林持續擴張帶來的洪泛威脅，台北市政府提案廢止關渡自然保留區。農委會今年(110年)10月5日「自然地景及自然紀念物審議會」中審議通過，並在12月20日公告廢止原依文資法劃設的自然保留區後，北市府將依濕地保育法所指認的「國家重要濕地」進行管理，持續維持國家級濕地保護區。
關渡自然保留區位在北關渡平原的西南側，接近基隆河與淡水河的匯流處，早期主要由茳茳鹼草、蘆葦及大面積的泥質灘地所組成，每年候鳥遷移季節時，吸引上萬隻水鳥棲息過冬，是候鳥的重要棲地。農委會民國75年依文資法公告為關渡自然保留區，以「水鳥」為保育標的，長期以來受文資法保護。依文資法第86條第1項規定，自然保留區內「禁止改變或破壞其原有自然狀態」，在國內各保護區域類別中屬完全禁止人為經營管理手段介入的最嚴格類型。
關渡自然保留區在長期自然演替下，紅樹林持續擴張，原本的泥灘地逐漸演替成草澤，進而形成大面積的林澤，陸域範圍快速擴張，造成原本設置自然保留區的保育標的─鷸鴴科等水鳥逐漸消失，種類減少30%以上，只剩下樹棲型鳥類，物種多樣性銳減，已經悖離離當初自然保留區設立目的，加上洪泛威脅的疑慮，認為紅樹林擴張造成基隆河朝向深槽化發展，可能掏蝕基隆河左岸的社子島堤防，若林下漂浮木過度堆積，也可能阻斷通水，造成河段水位抬升，形成洪患隱憂，台北市府考量該區已有濕地保育法及水利法共同保護，提案廢止關渡自然保留區。
農委會林務局指出，過去為保護關渡濕地，以當時僅有可劃設保護區的法令，亦即文資法公告為自然保留區，但河岸泥灘濕地是高度動態演替的環境，若要維持原來適合水鳥棲息的泥灘環境，必須以適度疏伐紅樹林等人為介入的方式經營，不適合繼續依文資法管理。
現今已經有多元保育法令工具可援用，且關渡自然保留區同時也已是經濕地保育法公告的國家級重要濕地「淡水河流域重要濕地」的一部分，文資法在該區已完成階段性任務，廢止退場後將在濕地保育法等相關法令下持續經營管理，維持泥灘地生態。林務局表示，未來將就棲地保育層面持續協助台北市政府與內政部，讓關渡濕地的經營管理更扣合保育目標。
