為了降低感染風險，衛福部及教育部規劃共同為年滿12歲到未滿18歲的青少年，進行疫苗接種，接種對象為全國國中、高中、五專前三年及110年9月1號前滿12歲的國小學生，共約125萬名，特教學校、實驗教育、矯正學校及少年觀護所、境外臺校、外僑學校、中正預校、大學附設七年一貫學制的學生都包含在內。
教育部部長潘文忠表示，這次接種疫苗以校園接種為原則，規劃從9月23號起，接種順序自高中/五專起依序安排接種。這次疫苗接種不具強迫性，可由家長及學生視自身需求及意願，自由選擇是否接種，請家長及學生詳閱「BNT COVID-19疫苗學生接種須知」，確實了解須知「疫苗接種禁忌與接種前注意事項」、「接種後注意事項及可能發生之反應」，並在「BNT COVID-19疫苗學生接種評估暨意願書」上簽名，經家長同意且簽名的學生，才予以施打疫苗。
衛福部表示，已規劃接種作業及流程，並訂有「COVID-19疫苗校園接種作業程序建議指引」供學校遵循，包括接種前準備與注意事項、醫師接種評估、接種疫苗後觀察、學生回家後注意事項提醒等，教育部請學校於學生接種疫苗後，觀察學生身體狀況，適時調整課程內容，安排靜態活動。
教育部部長潘文忠指出，若學生接種疫苗後有不舒服的狀況，或是自願到醫療機構接種疫苗者，可以向學校申請疫苗假，不會列入出缺席紀錄，以3天為原則(包含接種當日)，必要時得延長；家長若有請假照顧孩子的需求，也可申請防疫照顧假。
另外，如果學生因特殊情況無法在校接種，或無學籍的青少年，可由學生及家長到「COVID-19公費疫苗預約平臺」進行意願登記及選擇醫療院所預約接種疫苗，並持意願書到該醫療院所接種疫苗。
